Isa sa mga kaugaliang Pilipino kung Kuwaresma lalo na kung Semana Santa ay ang penitensiya. Laganap na halos ito sa iba’t ibang bayan sa ating bansa. Bagamat hindi ipinahihintulot ng Simbahan, marami tayong kababayan ang nagpepenitensiya kung Semana Santa. Sa Pampanga, may nagpapako pa sa krus.  Ayon sa ilang deboto, ang penitensiya ay isang panatang dapat nilang tuparin. May paniwala na isang paraan ng paglilinis ng kasalanan o pagbabayad-sala. Pangakong ginagawa ng isang gumaling sa pagkakasakit o sa isang sa aksidente na kanilang naligtasan. May paniwala rin na ang Penitensiya ay kaugaliang pasalin-salin nama na sa kanilang lolo at mga magulang.

Maraming anyo ang penitensiya. May nagpepenitensiya na tinutularan si Kristo. Nakatunika o nakadamit na kulay talong at may koronang tinik sa ulo. Nagpapasan ng  mabigat na krus at walang sapin sa paa na naglalakad sa lansangan. Ang iba naman ay walang damit pang-itaas. Nagpupunta sa gulod o burol at doon pinarurusahan ang sarili sa pamamagitan ng pagpalo sa kanyang likod ng kadena o katad na sinturon hanggang sa mamula at magdugo. May nagsusuklob naman ng kulay itim na damit sa ulo at walang damit pang-itaas. Gumagapang sa lupa sa kabila ng nakapapasong init ng sikat ng araw. May naglalakad naman sa bayan. Pinapalo ang likod ng kadena. Natatapos ang penitensiya sa pinto ng simbahan. Doon sila dumadapa ng ilang minuto na parang nagpapasalamat o humhingi ng patawad sa kanyang mga nagawang kasalanan. Pagkatapos, maliligo sa ilog at saka uuwi sa kanilang bahay. Gagamutin ang mga sugat sa likod.  

Sa Cainta, Rizal, may pangkat naman ng kalalakihan na nagsasagawa ng penitensiya sa daan. Ginagawa tuwing Miyerkules Santo o Huwebes Santo ng umaga hanggang tanghali. Isang nakadamit-Kristo ang may pasan krus sa kanang balikat. May kasamang ilang lalaking naka-damit Judio at gumagala sa bayan. Sa bawat kanto ng bayang napilingpagdausan ng penitensiya, sila’y tumitigil sandali at nagsasagawa ng maikling drama na hango sa buhay ni Kristo. Isang halimbawa ay ang pagdadala kay Kristo sa harap ni Poncio Pilato. May maikling paglilitis sa nakadamit-Kristo. Matapos igawad ni “Poncio Pilato” ang hatol, sisimulan nang paluin ng katad at sinturon sa likod si “Kristo”.