ni Charissa Luci-Atienza
SUPORTADO ng Department of Science and Technology (DOST) ang isang research study hinggil sa paggamit ng aptamers para sa maagang pagtukoy ng sakit na leptospirosis.
Ayon kay DOST Secretary Fortunato de la Peña, isang exploratory research ang isinasagawa hinggil sa posibilidad ng paggamit ng in silico methodologies upang ma-screen ang aptamers.
Sa kanyang weekly report nitong Biyernes, ipinaliwanag ng kalihim na ang aptamers ay maliit, single-stranded deoxyribonucleic acid (DNA) o ribonucleic acid (RNA) (ssDNA or ssRNA) molecules na maaaring “selectively bind” sa isang tiyak na target, tulad ng proteins, peptides, carbohydrates, small molecules, toxins, at maging live cells.
Malaking tulong ito sa pagresolba ng maraming problema sa diagnostic at therapy ng mga sakit, aniya.
“Among the existing methodologies, the use of Genetic Algorithm (GA) coupled with Molecular Docking simulations seem promising considering the time frame of the study and available computational resources,” paliwanag ni de la Peña.
“Given that GA is one of the most efficient optimization algorithms typically used in machine learning applications, it will help in minimizing the total number of simulations to be done while still arriving on an optimum set of aptamer candidates.”
Ayon sa Kalihim, sa paghahangad na makapili ng “desired aptamers and validate a lateral-flow assay,” nakipagtulungan ang proyekto sa College of Public Health, University of the Philippines-Manila (CPH-UPM) para sa clinical validation at paggamit ng archived samples para sa leptospirosis.
Dagdag pa niya, dalawang high-performance computing centers ang kinuha upang magsagawa ng in silico analysis o isang eksperimento na ginagawa sa computer o via computer simulation. Ito ang Philippine Genome Center Core Facility for Bioinformatics at ang Computing and Archiving Research Environment (COARE) ng DOST-Advanced Science and Technology Institute (ASTI).
“For aptamer selection and next generation sequencing (NGS), a partnership was established with Novaptech, a company in Bordeaux, France which offers aptamer services,” ani de la Peña.
Ang leptospirosis ay isang bacterial infection na dulot ng Leptospira spirochetes bacteria. Kumakalat ito sa pamamagitan ng ihi ng apektadong hayop, partikular ang mga daga.
Ayon sa Department of Health (DOH) kabilang sa paraan ng pagkahawa rito ay ang pagkababad sa kontamidong baha, pagkain ng kontaminadong pagkain o tubig.
May incubation period ang bacterium na pito hanggang 10 araw bago lumabas ang sintomas, kung saan kabilang ang high fever, muscle pain, eye redness, chills, severe headache, vomiting, diarrhea, o yellowish skin discoloration.
Maaaring humantong ang malalang kaso sa kidney failure, brain damage, massive internal bleeding, at pagkamatay.
