SA wakas, masisimulan na ang proyektong panahon pa ng administrasyong Ramos, noong 1990s, nang binuo ang konsepto subalit ilang beses nang naipagpaliban dahil sa mga hindi pagkakasundo at mga kontrobersiya sa mga sumunod na administrasyon. Ito ang riles na mag-uugnay sa Tutuban sa Maynila sa Malolos, Bulacan, bago tutuloy sa Clark, Pampanga.

Ang kauna-unahang riles sa Pilipinas ay kinumpleto noong 1892, ang Ferrocaril de Manila-Dagupan, at pinalawak noong 1902 sa panahong sakop pa tayo ng Amerika. Pagkatapos ng Ikalawang Digmaang Pandaigdig, marami nang riles ang pinangasiwaan ng Manila Railroad Company—mula sa Pangasinan, Nueva Ecija, Pampanga, Rizal, Cavite, Laguna, Batangas, at Camarines Sur sa Albay. May maliit na serbisyo ng riles sa hilaga na umaabot sa Damortis sa Pangasinan, kung saan inihahatid ng mga bus ang mga pasahero paakyat sa Baguio City sa pagdaan sa Kennon Road.

Sa paglipas ng mga taon, ang pagbibiyahe sa riles ay nagbigay-daan na rin sa biyahe sa kalsada. Inabandona ang mga nagsasangang biyahe ng mga riles patungo sa iba’t ibang lugar sa Luzon. Subalit kalaunan ay tumindi ang pangangailangang ibalik ang mga railroad network, partikular noong administrasyon ni Fidel V. Ramos noong 1992 hanggang 1998, sa layunin na ring mapaluwag ang siksikan sa Metro Manila at mapaunlad ang mga lalawigan sa paligid nito. Dito na nabuo ang Northrail noong 1995 bilang subsidiya ng Bases Conversion and Development Authority (BCDA).

Bumuo ng kasunduan ang Northrail sa China National Machinery Industry Corp. (Sinomach) sa panahon ng administrasyon ni Gloria Macapagal Arroyo (2001-2010) subalit ibinasura ng humaliling administrasyon ni Benigno S. Aquino III (2010-2016) ang kontrata matapos kuwestiyunin ang legalidad nito. Idinemanda ng Sinomach ang Pilipinas, at iginiit na mabayaran ng mahigit $100 million na danyos.

Nitong Martes, inihayag ni Transportation Secretary Arthur Tugade na napagkasunduan na ng ating gobyerno at ng Sinomach ang sigalot sa pagitan nila, at nakatipid ang bansa ng mahigit $100 million na hinihinging danyos ng kumpanya, gayundin ng daan-daang milyong pisong halaga ng gastusing legal. Ang kasunduan ay nilagdaan sa harap ni Foreign Affairs Secretary Alan Peter Cayetano at ni Chinese Ambassador Zhao Jian Hua.