KABILANG sa mga pagbabagong inaabangan ng bansa sa pagsisimula ng administrasyong Duterte ay ang pagbibigay-tuldok sa ilang dekada nang rebelyon ng New Peopleās Army (NPA). Tinangka ng papatapos na administrasyong Aquino na wakasan ang labanan sa Mindanao sa pamamagitan ng usapang pangkapayapaan sa Moro Islamic Liberation Front (MILF), ngunit hindi nakipagnegosasyon sa NPA. Ngayon, bahagi ng programa ni incoming President Rodrigo Duterte ang makipagkasundo sa NPA.
Nag-alok si President-elect Duterte ng mga puwesto sa Gabinete para sa Communist Party of the Philippines (CPP), sa armadong sangay nito na NPA, at sa grupong pulitikal nito na National Democatic Front of the Philippines (NDFP), kabilang ang sa Department of Labor and Employment, Department of Social Welfare and Development, Department of Agrarian Reform, at Department of Environment and Natural Resources. Sinabi ni Jose Ma. Sison, nagtatag sa CPP at matagal nang exiled sa Utrecht, Netherlands, na magrerekomenda sila ng mga indibiduwal para sa nasabing mga posisyon.
Sa isang panayam kamakailan, nagsalita si Sison tungkol sa isa sa mga usapin habang napapalapit ang panunumpa ni Pangulong Duterte sa tungkulin sa Hunyo 30. Sinabi niyang sang-ayon siya na ilibing si dating Pangulong Ferdinand Marcos sa Libingan ng mga Bayani, dahil marami naman, aniya, na nakalibing doon ang hindi bayani. Una nang inihayag ni Duterte na maaaring sa wakas ay mailibing na si Marcos, na ang labi ay nananatiling nakapreserba sa Ilocos Norte, sa Libingan bilang isang sundalo na nagsilbi sa bayan.
Gayunman, maraming iba pang mas seryosong usapin ang nasa pagitan ng CPP at ng gobyerno ng Pilipinas na hindi agad na mareresolba. Noong nakaraang linggo, tinukoy ng susunod na peace negotiator ng gobyerno na si Silvestre Bello III ang pahayag ni NDF chief negotiator Fidel Agcaoili na igigiit ng NDF ang pagbasura ng gobyerno ng Pilipinas sa mga tratadong militar nito sa United Statesāpartikular na ang Enhanced Defense Cooperation Agreement (EDCA).
Bagamat bumoto ang Senado noong 1991 laban sa pananatili ng mga base-militar ng Amerika sa bansa, pinahihintulutan ng gobyerno ang tropang Amerikano na bumisita sa bansa alinsunod sa Visiting Forces Agreement upang magsagawa ng pagsasanay ng sandatahan at pagkakawanggawa. Sa ilalim ng EDCA, na ang huling kasunduan ay noong Marso, pinagkalooban ang puwersa ng Amerika ng access sa limang base-militar ng Pilipinas. Sa mga base na ito, maaaring magtayo ang Amerika ng mga istruktura para paglagakan ng kagamitan at supplies na magagamit sa pinagsanib na military training exercises, jungle survival, at guerrilla warfare, at bilang himpilan na rin ng mga tauhang sibilyan at militar at mga defense contractor.
Sinabi ni Agcaoili na ang nasabing kahilingan ay ānon-negotiableā, at tumugon si Bello, āWe will see if we can find a new track of negotiation in which key issues would be discussedā¦.ā Mismong si Duterte ay nagkomento na hindi aasa ang Pilipinas sa Amerika sa pakikipagnegosasyon sa China kaugnay ng agawan sa teritoryo sa South China Sea, ngunit mananatili, aniya, ang Pilipinas bilang āan ally of the West.ā
Posibleng makahahanap pa si Sison, na magbabalik sa bansa sa susunod na tatlong buwan, ng ibang landas sa negosasyon at idagdag ang kanyang tinig sa mga naghahangad ng kapayapaan, nang hindi na kakailanganing magtakda ng mga hindi na mapag-uusapang kondisyon, at maging bukas sa pagkakaroon ng bagong kompromiso at kasunduan sa gobyerno.