MARSO 16, 1521 nang mamataan ni Ferdinand Magellan ang isla ng Samar sa Pilipinas at nang sumunod na araw ay dumaong siya sa isla ng Homonhon, ngayon ay bahagi ng Guiuan, Eastern Samar. Inangkin niya ang isla para sa Espanya, at tinawag itong Isla San Lazaro, at kalaunan ay ang Pilipinas bilang pagbibigay-pugay kay Haring Philip ng Espanya.
Ang unang misang Katoliko ay idinaos sa isla ng Limasawa noong Marso 31, 1521, ng paring Espanyol na si Fr. Pedro Valderama, at dinaluhan nina Rajah Siagu at Rajah Kolambu na nagsagawa ng pagsasandugo kay Magellan. Bininyagan ni Fr. Valderama ang dalawang rajah at 400 katutubo noong Abril 14, 1521, sa Cebu na pinagtirikan ni Magellan sa isang higanteng krus—ngayon ay kilala bilang “Magellan’s Cross”—bilang simbolo ng Kristiyanismo sa bansa at ng mga bagong Katoliko na may imahen ng Sto. Niño bilang simbolo ng kapayapaan.
Ang mga tripulante ni Magellan ang mga unang Europeo sa Pilipinas. Dumating sila lulan sa limang barko—ang Trinidad, San Antonio, Concepcion, Victoria, at Santiago. Sa paglalayag ni Magellan, mula sa silangan hanggang sa kanluran, napatunayang ang mundo ay bilog. Ang kanyang paglalayag para sa pagtuklas ay isinulat sa isang talaan ng Italian navigator na si Antonio Pigafetta na kasama niya sa paglalayag, at unang nalathala noong 1525 habang ang kabuuan ay isinapubliko noong 1800, bukod pa sa serye ng panayam sa mga kasama sa paglalayag ni Maximilianus ng Transylvania, na inilathala noong 1523. Pagkatapos ni Magellan, lima pang paglalayag ng mga Espanyol ang sumunod, sa pagitan ng 1525 at 1542.
Napatay si Magellan sa tama ng mga may palaso na may lason noong Abril 27, 1521, sa kasagsagan ng Battle of Mactan, ang itinuturing na unang pakikipaglaban ng mga Pilipino kontra sa mga dayuhang mananakop, ng mga katutubo sa isla sa pangunguna ng datu na si Lapu-Lapu, na tumangging kilalanin ang kapangyarihan ng Espanya. Isinulat ni Pigafetta at ng Espanyol na manggagalugad na si Gines de Mafra ang mga pangyayari sa likod ng pagkamatay ni Magellan. Kabilang si De Mafra sa grupo ng manlalayag ni Magellan noong 1519-1521.
Isinilang sa Oporto, Portugal, noong 1480 sa mayamang angkang Portuguese, nag-aral si Magellan ng cartography (paggawa ng mapa), astronomiya, at celestial navigation (pagmamaniobra ng barko batay sa posisyon ng mga bituin) sa Lisbon. Isinugo siya ni Haring Charles ng Espanya upang tumuklas ng rutang pakanluran patungong Maluku o Spice Islands, na narating ng grupo ni Magellan noong 1521, at nagbunsod sa pagkakatuklas niya sa Pilipinas 495 taon na ang nakalilipas.
