Kabilang sa maraming isyu na inilutang laban sa panukalang Bangsamoro political entity ay ang panukalang anyo ng gobyerno nito – parliamentary. Hahalal ang mga mamamayan nito ng mga miyembro ng isang regional assembly na maghahalal naman ng isang prime minister. Ngunit nakatadhana sa Konstitusyon ang isang republican system, kung saan direktang hahalal ang mga mamamayan ng gobernador, mayor at iba pang lokal na opisyal, kasama ang kanilang pambansang mga opisyal.

Ito lamang ay maghahatid sa panukalang Bangsamoro government sa labas ng sakop ng Konstitusyon. Ang panukalang parliamentary government ay mas kahalintulad ng parliamentary system ng federal states ng Malaysia na umaayuda sa Moro Islamic Liberation Front (MILF) sa pakikipag-usap sa gobyerno ng Pilipinas.

Ito ang dahilan kung bakit nangangamba ang ilang tagamasid na malamang dumating ang panahon na ang Bangsamoro local government, kasama ang mahigpit na pakikipag-ugnayan nito sa Malaysia, ay maghangad na umanib sa bansang iyon sa ngalan ng kasarinlan. At sa parliamentary system nito, angkop itong hakbang. Kahit ngayon, nagpakita ang MILF ng kagustuhan sa pamamagitan ng pagdedeklara na una nitong isusumite ang kanilang findings sa Mamasapano incident sa Malaysia, bago ibigay ang kopya nito sa gobyerno ng Pilipinas.

Hawak na ng Malaysia ang isang teritoryo na, sa paniniwala ng gobyerno ng Pilipinas, na nararapat na pag-aari ng ating bansa – ang Sabah. Ang isyu ng Sabah ay inilutang din sa tuluy-tuloy na debate sa Bangsamoro ng mga kinatawan ng Sabah na kilala sa kampo ng Sultan of Sulu. Anila na ang buong Bangsamoro program ay kamalian sa pagwawalangbahala sa Sabah kung saan na nararapat talaga na bahagi ng panukalang Bangsamoro region.

Ngunit balik sa isyu ng konstitusyonalidad – kung saan ang Bangsamoro Basic Law (BBL) na ngayong nasa Kongreso ay unang huhusgahan ng mga miyembro ng Kongreso. Naging malinaw na ang BBL ay hindi maaaprubhan ng gayon lang. At nagpahayag ang MILF ng kanilang posisyon: Kapag ang BBL ay hindi alinsunod sa ilang probisyon ng Konstitusyon, amiyendahan ang Konstitusyon.

Kung hindi magbibigay-daan ang alin man sa mga ito, magpapatuloy ang labanan. Tiyak na ang parehong panig ay nagbalangkas na ng mga plano para sa anuman ang mangyayari. Walang kasunduan na makatotohanang aasahan pagsapit ng Hunyo – ang deadline na walang muwang na itinakda ng mga congressional leader.

Ngunit hindi nangangahulugan ito na hihinto na ang mga leader ng ating bansa sa paghahanap ng mga solusyon. Isang posibleng solusyon ay ang matagal nang panukala para sa isang federal system na gobyerno kung saan ang bawat rehiyon ay may sariling antas ng autonomy. Siyempre, kakailanganin niyon ang pag-amiyenda sa Konstitusyon. Gugugol iyon ng panahon at masidhing pag-aaral. Ngunit kung mauuwi iyon sa kapayapaan, hindi dapat ito hayagang tutulan.